Svartbagen yngler enkeltvis eller i løse grupper, ofte på klippeflader, holme og åbne skær i den yderste skærgård. Reden er en ret enkel samling af planterester. Hunnen lægger oftest 2–3 æg, der ruges af begge forældre i cirka fire uger. Det dominante par forsvarer revir og redeunger kraftfuldt mod indtrængende.