Topmejsen yngler i huller i mørt ved, som regel i en råddent stub eller en død træstamme. Den hugger gerne hullet ud eller udvider redehullet selv i blødt, mørt ved, hvilket gør den afhængig af dødt ved i skoven. Hunnen lægger normalt 5-8 æg, som hun ruger i omkring 13-16 dage. Ungerne fodres af begge forældre og bliver flyvefærdige efter knap tre uger. Topmejsen tager sjældent almindelige fuglekasser.