Blå kærhøg er en jordrugende art. Reden placeres godt skjult på jorden i moser, ung skov eller anden tæt, lavtvoksende vegetation. Hunnen lægger normalt 4–6 æg, som hun ruger, mens hannen jager og bringer hende føde. Da reden ligger ubeskyttet på jorden, er ynglen følsom over for forstyrrelse og rovdyr.