Flodsangeren yngler i tæt, fugtig vegetation, gerne i krat og tilgroet terræn nær vand. Reden placeres lavt, i græs eller krat nær jorden, godt skjult. Hunnen lægger som regel 5–6 æg. Den skjulte redeplacering og artens sky adfærd gør ynglen svær at studere, og fund af ynglende flodsangere bygger oftest på syngende hanner.