Fløjlsanden yngler ved ferskvand i fjeldene og på øer i skærgården. Hunnen placerer reden godt skjult på jorden, ofte i tæt vegetation eller under en busk, og lægger normalt 7–9 æg. Ynglen indledes sent på sæsonen sammenlignet med mange andre ænder, og hunnen ruger alene. Ungerne føres til vandet kort efter klækningen, og flere hunner med kuld kan undertiden slå sig sammen.