Hvidhalset fluesnapper er en hulruger. Reden bygges i en naturlig træhule, et gammelt spættehul eller en kasse. Hannen ankommer før hunnen og hævder revir omkring egnede redehuller. Hunnen lægger oftest 5–7 æg, der ruges i omkring 13 døgn. Begge forældre fodrer ungerne, der forlader reden efter omkring 16–17 døgn. På Bornholm og i det østlige forekommer arten lokalt sammen med broget fluesnapper, og de to arter kan undertiden hybridisere.