Lille korsnæb har en usædvanlig yngletid og kan yngle allerede i januar-april, selv under frostgrader, så længe koglerne giver rigeligt med frø. Reden bygges godt isoleret højt oppe i en gran. Hunnen lægger som regel 3-4 æg. Yngletiden styres helt af frøåret, og arten kan i gode år yngle i en stor del af året.