Perleuglen er en hulruger og er afhængig af især forladte sortspættehuller, men den tager gerne også større kasser opsat i nåleskov. Hunnen lægger som regel 4–7 æg, men kuldstørrelsen svinger kraftigt med mængden af studsmus – gode studsmuseår kan give betydeligt større kuld. Hunnen ruger, mens hannen står for fodringen i den første tid, og ungerne forlader redehullet, før de er fuldt flyvefærdige.