Sorthalset lappedykker yngler gerne i kolonier på 5–30 par, ofte sammen med hættemåger, hvis tilstedeværelse giver beskyttelse mod prædatorer. Reden er et flydende bygningsværk af vegetation, der forankres i rørskoven. Parret lægger normalt 3–4 æg, og de nyklækkede unger bæres på forældrenes ryg de første uger.