Den store flagspætte hakker selv sin rede ud og har ikke brug for færdige hulrum eller kasser.
- *Redehul: et eget hul, der hakkes ud i stammen af levende eller døende træer, ofte løvtræer med opblødt ved. - Nyt hvert år: parret mejsler som regel en ny redehule ud hver sæson, og de gamle huller kommer andre fugle til gode. - Indretning:* selve reden er karrig med kun lidt spåner i bunden, hvor hunnen lægger 4–7 æg.
Rugningen tager 11–13 dage, og ungerne bliver 20–24 dage i hullet, før de flyver ud.