Dværgternen yngler i mindre kolonier og lægger sine æg i en lav fordybning direkte på åben sand eller fint grus, ofte nær vandkanten. Kuldet omfatter normalt 2–3 æg, som begge forældre ruger. Æggene og de nyklækkede unger er godt kamufleret, men alligevel meget udsatte — rederne trues af forstyrrelse fra badegæster og løse hunde, af højvande og af rovdyr. Indhegning og områdebeskyttelse i yngletiden er derfor vigtige beskyttelsestiltag for den fåtallige art.