Fiskehejren yngler i kolonier, ofte højt oppe i træer, gerne fyr, men undertiden også i rørskove. Reden er en stor riskonstruktion, der bruges og bygges videre på gennem mange år. Hunnen lægger oftest 3–5 æg, der ruges af begge forældre i cirka 25–26 døgn. Kolonierne kan være livlige og larmende i yngletiden, og samme koloniplads kan bruges i årtier.