Gråstrubet lappedykker bygger en flydende rede af vådt plantemateriale, forankret i rørkanten eller blandt anden vegetation. Hunnen lægger oftest 4–5 æg, der ruges af begge forældre i cirka tre uger. Ungerne er stribede dunkugler, der ofte lader sig transportere på forældrenes ryg de første uger, en adfærd der er typisk for lappedykkerne.