I Danmark er isabellastenpikkeren for det meste tavs. Det almindeligste kald er et skrattende, hårdt "chack-chack" der minder om andre stenpikkeres advarselskald. På ynglepladserne længere østpå har arten en fløjtende, efterlignende sang, men den høres sjældent hos de fugle, der optræder herhjemme.