Kongeørnen yngler tidligt. Den store risrede placeres på en klippehylde eller højt oppe i en grov fyr og bruges ofte gennem mange år. Hunnen lægger som regel 2 æg og ruger i omkring 43–45 døgn. Det er almindeligt, at kun en unge overlever til flyvefærdig alder. Ungen er flyvefærdig efter omkring 65–80 døgn, men holdes afhængig af forældrene en tid derefter.