Lille lappedykker bygger en flydende rede af vandplanter, der forankres i rør eller anden vegetation. Hunnen lægger normalt 4–6 æg, og de nyklækkede, stribede unger kan kravle op på forældrenes ryg i de første levedøgn. Arten kan lægge to kuld i en gunstig sæson.