Lille skallesluger er en hulruger, der yngler i træhuller, gerne gamle sortspættehuller, eller i større kasser opsat nær skovsøer. Kuldet omfatter som regel 7-9 æg. Hunnen ruger alene, og de dundækkede unger er redeforladere, som forlader redehullet og hopper ned til jorden kort efter klækningen, hvorefter de føres til nærmeste vand.