Mellemflagspætten hakker sit redehul ud i morkent, groft løvved, ofte i gamle ege. Hunnen lægger som regel 4–7 æg. Arten er stærkt afhængig af mængden af dødt og døende ved i solbeskinnede, lyse løvskove, hvilket gør den følsom over for moderne skovbrug. I Danmark sker der ingen regulær yngling i dag.