Stor skallesluger yngler i træhuller, klippespalter og store kasser, undertiden et godt stykke fra vandet og højt oppe. Hunnen lægger normalt 8-12 æg og ruger alene i 32-35 dage. De nyklækkede unger springer dristigt ned fra reden til jorden og ledes derefter hurtigt til nærmeste vand. Hunner med ungekuld slår sig undertiden sammen, så en hun kan ses lede en stor skare unger af forskellig alder.