Toppet skallesluger yngler på jorden, godt skjult i tæt vegetation, under en busk, i en klipperevne eller mellem sten, ofte nær vand på en skærgårdsø. Hunnen lægger normalt 8–10 æg og ruger alene i godt fire uger. De nyklækkede unger føres hurtigt til vandet, hvor de svømmer og dykker allerede fra første døgn. Hunner med ungekuld slår sig undertiden sammen, så flere kuld danner en fælles gruppe, der vogtes af flere voksne fugle.