Tretået flagspætte yngler i et redehul, der hakkes ud i en tør fyr eller en død gran, som regel to til fem meter oppe på stammen. Hunnen lægger normalt 3-5 hvide æg, og begge forældre deles om rugningen, der varer omkring to uger. Ungerne fodres af begge forældre og bliver flyvefærdige efter cirka tre uger i hullet. Parret yngler med ét kuld om året.