Gråsiskenen yngler i birk og anden løvskov. Reden er en lille, sirlig skål af kviste, græs og fjer, der placeres i et træ eller en busk. Hunnen lægger som regel 4–6 æg, som hun ruger i omkring tolv døgn. Arten kan yngle ret sent og i løst sammenhold i grupper, og yngleudbredelsen følger til en vis grad frøsætningen i birkeskoven.