Fiskeørnen lever så godt som udelukkende af fisk, som udgør omkring 95 procent af føden. Almindelige byttedyr er gedde, aborre, brasen og skalle. Fuglen spejder fra cirka 10-40 meters højde, står ofte stille i luften og styrter derefter ned med fødderne først, undertiden helt under vandoverfladen. En vendbar yderste tå og ru trædepuder gør, at den kan gribe glatte fisk med to kløer fremad og to bagud.