Fiskeørnen høres mest i nærheden af reden, hvor den udstøder et klynkende, fløjtende og lidt spædt "*pyyp-pyyp-pyyp*", der ofte stiger i intensitet ved uro, eller når en mage nærmer sig. Lyden er overraskende svag i forhold til fuglens størrelse. Under trækket og uden for ynglepladsen er arten påfaldende tavs.