Fiskeørnen bygger en stor riskvistrede, gerne i toppen af en grov, fritstående fyr nær vand, eller på kunstige redeplatforme, der er sat op for at gavne arten. Samme rede bruges og bygges op gennem mange år. Hunnen lægger oftest 2-3 æg, som ruges i omkring 37-41 døgn. Ungerne bliver flyvefærdige efter cirka otte uger, men er fortsat afhængige af forældrenes fiskeri et stykke tid derefter.